本发明提供一种船载鱼池自平衡系统及方法，其中系统包括：一陀螺仪，所述陀螺仪固定于至少一船载鱼池所在的船体；一控制端，所述控制端连接所述陀螺仪；以及一平衡控制机构，所述平衡控制机构连接所述船载鱼池。本发明的一种船载鱼池自平衡系统及方法，使船载鱼池的水面不随船体的倾斜晃动而变化，不影响养殖个体的生长环境，鱼池的水和养殖个体不会溢出鱼池，减少了生产损失，并具有自动化程度高、通用性强的优点。